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    Maboss for HPC environments: implementations of the continuous time Boolean model simulator for large CPU clusters and GPU accelerators.
    Šmelko, A ; Kratochvíl, M ; et al.
    In: BMC bioinformatics, Jg. 25 (2024-05-24), Heft 1, S. 199
    Online academicJournal
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    cmFSM: a scalable CPU-MIC coordinated drug-finding tool by frequent subgraph mining.
    Yang, S ; Guo, R ; et al.
    In: BMC bioinformatics, Jg. 19 (2018-05-08), Heft Suppl 4, S. 98
    Online academicJournal
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    Volltext (PDF)
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    CMSA: a heterogeneous CPU/GPU computing system for multiple similar RNA/DNA sequence alignment.
    Chen, X ; Wang, C ; et al.
    In: BMC bioinformatics, Jg. 18 (2017-06-24), Heft 1, S. 315
    Online academicJournal
    Zugriff:
    Volltext (PDF)
    View record at Springer (Volltext)
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    CUDASW++ 3.0: accelerating Smith-Waterman protein database search by coupling CPU and GPU SIMD instructions.
    Liu, Y ; Wirawan, A ; et al.
    In: BMC bioinformatics, Jg. 14 (2013-04-04), S. 117
    Online academicJournal
    Zugriff:
    Volltext (PDF)
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    BLAMM: BLAS-based algorithm for finding position weight matrix occurrences in DNA sequences on CPUs and GPUs
    Fostier, Jan
    In: BMC Bioinformatics, Jg. 21 (2020-03-01), Heft Suppl 2
    Online unknown
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    CMSA: a heterogeneous CPU/GPU computing system for multiple similar RNA/DNA sequence alignment
    Chen, Xi ; Wang, Chen ; et al.
    In: BMC Bioinformatics, Jg. 18 (2017-06-01)
    Online unknown
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    Volltext (PDF)
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    rapidGSEA: Speeding up gene set enrichment analysis on multi-core CPUs and CUDA-enabled GPUs
    Hildebrandt, Andreas ; Schmidt, Bertil ; et al.
    In: BMC Bioinformatics, Jg. 17 (2016-09-01)
    Online unknown
    Zugriff:
    Volltext (PDF)
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    muBLASTP: database-indexed protein sequence search on multicore CPUs
    Misra, Sanchit ; Feng, Wu-chun ; et al.
    In: BMC Bioinformatics, Jg. 17 (2016-11-01)
    Online unknown
    Zugriff:
    Volltext (PDF)
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    CAREx: context-aware read extension of paired-end sequencing data.
    Kallenborn, F ; Schmidt, B
    In: BMC bioinformatics, Jg. 25 (2024-05-10), Heft 1, S. 186
    Online academicJournal
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    Computational comparison of common event-based differential splicing tools: practical considerations for laboratory researchers
    Jansen, Gerrit ; Cloos, Jacqueline ; et al.
    In: BMC Bioinformatics, Jg. 22 (2021-06-26), Heft 1
    Online unknown
    Zugriff:
    Volltext (PDF)
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    Scaling bioinformatics applications on HPC
    Petrick, Nicholas ; Tong, Weida ; et al.
    In: BMC Bioinformatics, Jg. 18 (2017-12-01), S. 163-169
    Online unknown
    Zugriff:
    Volltext (PDF)
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    Accelerating genomic workflows using NVIDIA Parabricks.
    O'Connell, KA ; Yosufzai, ZB ; et al.
    In: BMC bioinformatics, Jg. 24 (2023-05-31), Heft 1, S. 221
    Online academicJournal
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    ElasticBLAST: accelerating sequence search via cloud computing.
    Camacho, C ; Boratyn, GM ; et al.
    In: BMC bioinformatics, Jg. 24 (2023-03-26), Heft 1, S. 117
    Online academicJournal
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    CARE 2.0: reducing false-positive sequencing error corrections using machine learning.
    Kallenborn, F ; Cascitti, J ; et al.
    In: BMC bioinformatics, Jg. 23 (2022-06-13), Heft 1, S. 227
    Online academicJournal
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    GEMmaker: process massive RNA-seq datasets on heterogeneous computational infrastructure.
    Hadish, JA ; Biggs, TD ; et al.
    In: BMC bioinformatics, Jg. 23 (2022-05-02), Heft 1, S. 156
    Online academicJournal
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    QuickPIV: Efficient 3D particle image velocimetry software applied to quantifying cellular migration during embryogenesis.
    Pereyra, M ; Drusko, A ; et al.
    In: BMC bioinformatics, Jg. 22 (2021-12-04), Heft 1, S. 579
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    Computational comparison of common event-based differential splicing tools: practical considerations for laboratory researchers.
    Muller, IB ; Meijers, S ; et al.
    In: BMC bioinformatics, Jg. 22 (2021-06-26), Heft 1, S. 347
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    Accel-Align: a fast sequence mapper and aligner based on the seed-embed-extend method.
    Yan, Y ; Chaturvedi, N ; et al.
    In: BMC bioinformatics, Jg. 22 (2021-05-20), Heft 1, S. 257
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    ELIXIR-IT HPC@CINECA: high performance computing resources for the bioinformatics community.
    Castrignanò, T ; Gioiosa, S ; et al.
    In: BMC bioinformatics, Jg. 21 (2020-08-21), Heft Suppl 10, S. 352
    Online academicJournal
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    Recommendations for performance optimizations when using GATK3.8 and GATK4.
    Heldenbrand, JR ; Baheti, S ; et al.
    In: BMC bioinformatics, Jg. 20 (2019-11-08), Heft 1, S. 557
    Online academicJournal
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