Assessment of the genetic diversity and population structure of Maire yew ( Taxus chinensis var. mairei) for conservation purposes.

Maire yew ( Taxus chinensis var. mairei (Lemée et Lévl) Cheng et L.K. Fu) is an endangered coniferous species in China. We examined the genetic pattern of Maire yew populations and explored any genetic variation among three groups (Core, Edge, and Disturb) based on hemeroby. Twenty-five populations (533 individuals) were analyzed using nuclear and mitochondrial simple sequence repeat (nSSR and mtSSR, respectively) markers and chloroplast DNA (cpDNA) sequences. nSSR marker analysis indicated a moderate level of genetic diversity ( He = 0.467), a high level of biparental inbreeding within populations ( FIS = 0.314; P < 0.01), and a strong genetic differentiation among populations ( FST = 0.161). Restricted gene flow due to mating characteristics and long-term isolation is the main factor affecting the natural genetic pattern. Our study suggested that human influence had a strong effect on the genetic diversity and differentiation. The results based on nSSR analysis showed that the human-influenced populations (Distub group) had the highest genetic diversity ( He = 0.500, Ar = 3.790) and the lowest genetic differentiation ( FST = 0.062) among populations compared with that of the natural populations (Core group, He = 0.463, Ar = 3.148, FST = 0.221). However, the analysis of cpDNA sequences showed an opposite trend on genetic diversity. The information presented here can supply the basis for genetic guidelines for appropriate conservation programs. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

La variété mairei de l'if chinois ( Taxus chinensis var. mairei (Lemée et Lévl) Cheng et L.K. Fu) est une espèce coniférienne menacée en Chine. Nous avons examiné le patron génétique des populations de cette variété et étudié la présence potentielle de variation génétique parmi trois groupes (Core, Edge et Disturb) correspondant au niveau de perturbation anthropique. Au total, 25 populations (533 individus) ont été analysées en utilisant des marqueurs de séquences simples nucléaires et mitochondriales (nSSR et mtSSR, respectivement) ainsi que des séquences d'ADN chloroplastique (ADNcp). L'analyse des marqueurs nSSRs a révélé un niveau modéré de diversité génétique ( He = 0,467), un niveau élevé de consanguinité biparentale au sein des populations ( FIS = 0,314, P < 0,01) et une forte différenciation génétique parmi les populations ( FST = 0,161). Un niveau limité de flux génique causé par les caractéristiques de l'accouplement et une longue période d'isolement est le principal facteur qui influence le patron génétique naturel. Notre étude suggère que l'influence humaine a eu un effet important sur la diversité et la différenciation génétiques. Les résultats découlant de l'analyse des marqueurs nSSRs indiquent que les populations sous influence humaine (groupe Disturb) ont la plus grande diversité génétique ( He = 0,500, Ar = 3,790) et la plus faible différenciation génétique ( FST = 0,062) entre les populations, comparativement aux valeurs des populations naturelles (groupe Core, He = 0,463, Ar = 3,148, FST = 0,221). Toutefois, l'analyse des séquences d'ADNcp révèle une tendance contraire dans le cas de la diversité génétique. L'information présentée ici peut fournir une base pour l'établissement de lignes directrices au plan génétique dans le cadre de programmes appropriés de conservation. [Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR]