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Human UHRF1 (ubiquitin-like PHD and RING finger 1) functions to maintain CpG DNA methylation patterns through DNA replication by co-localizing with the DNA methyltransferase DNMT1 at chromatin in mammals. Recent studies show that UHRF1 binds selectively to hemimethylated CpG via its conserved SRA (SET- and RING finger-associated) domain. However, the underlying molecular mechanism is not known. Here, we report a 1.95 A resolution crystal structure of the SRA domain of human UHRF1. Using NMR structure-guided mutagenesis, electrophoretic mobility shift assay, and fluorescence anisotropy analysis, we determined key amino acid residues for methyl-DNA binding that are conserved in the SRA domain.

Titel:	Structure and hemimethylated CpG binding of the SRA domain from human UHRF1.
Autor/in / Beteiligte Person:	Qian, C ; Li, S ; Jakoncic, J ; Zeng, L ; Walsh, MJ ; Zhou, MM
Link:	Full Text Finder (Volltext)
Zeitschrift:	The Journal of biological chemistry, Jg. 283 (2008-12-12), Heft 50, S. 34490-4
Veröffentlichung:	2021- : [New York, NY] : Elsevier Inc. on behalf of American Society for Biochemistry and Molecular Biology ; <i>Original Publication</i>: Baltimore, MD : American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2008
Medientyp:	academicJournal
ISSN:	0021-9258 (print)
DOI:	10.1074/jbc.C800169200
Schlagwort:	Anisotropy Crystallography, X-Ray methods DNA chemistry Escherichia coli metabolism Humans Magnetic Resonance Spectroscopy Models, Molecular Molecular Conformation Mutagenesis Protein Binding Protein Structure, Tertiary Spectrometry, Fluorescence methods Temperature Ubiquitin-Protein Ligases CCAAT-Enhancer-Binding Proteins genetics CCAAT-Enhancer-Binding Proteins physiology CpG Islands
Sonstiges:	Nachgewiesen in: MEDLINE Sprachen: English Publication Type: Journal Article; Research Support, N.I.H., Extramural Language: English [J Biol Chem] 2008 Dec 12; Vol. 283 (50), pp. 34490-4. <i>Date of Electronic Publication: </i>2008 Oct 22. MeSH Terms: CpG Islands* ; CCAAT-Enhancer-Binding Proteins / genetics ; CCAAT-Enhancer-Binding Proteins / physiology ; Anisotropy ; Crystallography, X-Ray / methods ; DNA / chemistry ; Escherichia coli / metabolism ; Humans ; Magnetic Resonance Spectroscopy ; Models, Molecular ; Molecular Conformation ; Mutagenesis ; Protein Binding ; Protein Structure, Tertiary ; Spectrometry, Fluorescence / methods ; Temperature ; Ubiquitin-Protein Ligases References: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 1998 Nov 1;54(Pt 6 Pt 2):1285-94. (PMID: 10089505) ; Anticancer Res. 2002 Nov-Dec;22(6A):3165-70. (PMID: 12530060) ; Nat Genet. 2003 Mar;33 Suppl:245-54. (PMID: 12610534) ; Br J Cancer. 2003 Jul 7;89(1):120-7. (PMID: 12838312) ; Nucleic Acids Res. 2003 Dec 15;31(24):7189-98. (PMID: 14654694) ; Mol Cell Biol. 2004 Mar;24(6):2526-35. (PMID: 14993289) ; Oncogene. 2004 Oct 7;23(46):7601-10. (PMID: 15361834) ; Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2004 Dec;60(Pt 12 Pt 1):2126-32. (PMID: 15572765) ; FASEB J. 2005 Mar;19(3):404-6. (PMID: 15629888) ; Brain Res Mol Brain Res. 2005 Oct 31;140(1-2):25-33. (PMID: 16084624) ; Mol Biol Cell. 2005 Dec;16(12):5621-9. (PMID: 16195352) ; Hum Pathol. 2005 Oct;36(10):1101-7. (PMID: 16226110) ; Gastroenterology. 2005 Nov;129(5):1454-63. (PMID: 16285947) ; EMBO J. 2006 Oct 4;25(19):4503-12. (PMID: 16990798) ; Curr Biol. 2007 Feb 20;17(4):379-84. (PMID: 17239600) ; Genes Dev. 2007 Feb 1;21(3):267-77. (PMID: 17242155) ; Cell. 2007 Feb 23;128(4):669-81. (PMID: 17320505) ; Pharmacol Ther. 2007 Sep;115(3):419-34. (PMID: 17658611) ; Science. 2007 Sep 21;317(5845):1760-4. (PMID: 17673620) ; Plant J. 2007 Dec;52(5):914-26. (PMID: 17892444) ; Oncogene. 2008 Apr 3;27(15):2187-97. (PMID: 17934516) ; Mol Cell Biol. 2008 Jan;28(2):705-17. (PMID: 17967883) ; Nature. 2007 Dec 6;450(7171):908-12. (PMID: 17994007) ; Mol Cell. 2008 Feb 29;29(4):525-31. (PMID: 18313390) ; Mol Biol Cell. 2008 Aug;19(8):3554-63. (PMID: 18508923) ; Methods Enzymol. 1997;276:307-26. (PMID: 27754618) ; EMBO J. 1993 Mar;12(3):861-7. (PMID: 8458342) Grant Information: GM073207 United States GM NIGMS NIH HHS Molecular Sequence: PDB 3DWH Substance Nomenclature: 0 (CCAAT-Enhancer-Binding Proteins) ; 9007-49-2 (DNA) ; EC 2.3.2.27 (UHRF1 protein, human) ; EC 2.3.2.27 (Ubiquitin-Protein Ligases) Entry Date(s): Date Created: 20081024 Date Completed: 20090219 Latest Revision: 20210206 Update Code: 20240513 PubMed Central ID: PMC2596396

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Structure and hemimethylated CpG binding of the SRA domain from human UHRF1.