Suppression of rolling circle amplification by nucleotide analogs in circular template for three DNA polymerases.

Tang, S ; Wei, H ; et al.

In: Bioscience, biotechnology, and biochemistry, Jg. 80 (2016-08-01), Heft 8, S. 1555-61

academicJournal

Among wide applications of nucleotide analogs, their roles in enzyme catalytic reactions are significant in both fundamental and medical researches. By introducing analogs into circular templates, we succeeded in determining effects of four analogs on RCA efficiency for three different DNA polymerases. Results showed an obvious suppression effect for 2'-OMeRNA modification, which might be due to the size of the C2'-modified moieties. 2'-F RNA, LNA and PS had little interference, suggesting good analog candidates for application in RCA. Different polymerases and nucleobases made a little difference according to analogs we used. These results are useful for understanding polymerase catalytic mechanism and analogs applications in RCA reaction.

Titel:	Suppression of rolling circle amplification by nucleotide analogs in circular template for three DNA polymerases.
Autor/in / Beteiligte Person:	Tang, S ; Wei, H ; Hu, T ; Jiang, J ; Chang, J ; Guan, Y ; Zhao, G
Zeitschrift:	Bioscience, biotechnology, and biochemistry, Jg. 80 (2016-08-01), Heft 8, S. 1555-61
Veröffentlichung:	2021- : Oxford : Oxford University Press ; <i>Original Publication</i>: Tokyo, Japan : Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry, c1992-, 2016
Medientyp:	academicJournal
ISSN:	1347-6947 (electronic)
DOI:	10.1080/09168451.2016.1171699
Schlagwort:	Bacillus Phages chemistry Bacillus Phages enzymology DNA Ligases chemistry DNA Ligases metabolism DNA, Circular metabolism DNA, Single-Stranded metabolism DNA-Directed DNA Polymerase metabolism G-Quadruplexes Nucleic Acid Amplification Techniques Oligonucleotides metabolism Phosphorothioate Oligonucleotides metabolism DNA, Circular chemistry DNA, Single-Stranded chemistry DNA-Directed DNA Polymerase chemistry Oligonucleotides chemistry Phosphorothioate Oligonucleotides chemistry
Sonstiges:	Nachgewiesen in: MEDLINE Sprachen: English Publication Type: Journal Article Language: English [Biosci Biotechnol Biochem] 2016 Aug; Vol. 80 (8), pp. 1555-61. <i>Date of Electronic Publication: </i>2016 May 06. MeSH Terms: DNA, Circular / chemistry ; DNA, Single-Stranded / chemistry ; DNA-Directed DNA Polymerase / chemistry ; Oligonucleotides / chemistry ; Phosphorothioate Oligonucleotides / *chemistry ; Bacillus Phages / chemistry ; Bacillus Phages / enzymology ; DNA Ligases / chemistry ; DNA Ligases / metabolism ; DNA, Circular / metabolism ; DNA, Single-Stranded / metabolism ; DNA-Directed DNA Polymerase / metabolism ; G-Quadruplexes ; Nucleic Acid Amplification Techniques ; Oligonucleotides / metabolism ; Phosphorothioate Oligonucleotides / metabolism Contributed Indexing: Keywords: 2′-F RNA; 2′-OMeRNA; LNA; nucleotide analogs; rolling circle amplification Substance Nomenclature: 0 (DNA, Circular) ; 0 (DNA, Single-Stranded) ; 0 (Oligonucleotides) ; 0 (Phosphorothioate Oligonucleotides) ; 0 (locked nucleic acid) ; EC 2.7.7.7 (DNA-Directed DNA Polymerase) ; EC 6.5.1.- (DNA Ligases) ; EC 6.5.1.2 (DNA ligase (NAD)) Entry Date(s): Date Created: 20160507 Date Completed: 20170118 Latest Revision: 20170118 Update Code: 20240513

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