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The triple-negative breast cancer (TNBC), a subtype of breast cancer which lacks of targeted therapies, exhibits a poor prognosis. It was shown recently that the PIM1 oncogene is highly related to the proliferation of TNBC cells. A quadruplex-duplex hybrid (QDH) forming sequence was recently found to exist near the transcription start site of PIM1. This structure could be an attractive target for regulation of the PIM1 gene expression and thus the treatment of TNBC. Here, we present the solution structures of two QDHs that could coexist in the human PIM1 gene. Form 1 is a three-G-tetrad-layered (3+1) G-quadruplex containing a propeller loop, a lateral loop and a stem-loop made up of three G•C Watson-Crick base pairs. On the other hand, Form 2 is an anti-parallel G-quadruplex comprising two G-tetrads and a G•C•G•C tetrad; the structure has three lateral loops with the middle stem-loop made up of two Watson-Crick G•C base pairs. These structures provide valuable information for the design of G-quadruplex-specific ligands for PIM1 transcription regulation.

Titel:	Coexistence of two quadruplex-duplex hybrids in the PIM1 gene.
Autor/in / Beteiligte Person:	Tan, DJY ; Winnerdy, FR ; Lim, KW ; Phan, AT
Link:	Full Text Finder (Volltext)
Zeitschrift:	Nucleic acids research, Jg. 48 (2020-11-04), Heft 19, S. 11162-11171
Veröffentlichung:	1992- : Oxford : Oxford University Press ; <i>Original Publication</i>: London, Information Retrieval ltd., 2020
Medientyp:	academicJournal
ISSN:	1362-4962 (electronic)
DOI:	10.1093/nar/gkaa752
Schlagwort:	Humans Transcription Initiation Site Triple Negative Breast Neoplasms genetics DNA chemistry G-Quadruplexes Proto-Oncogene Proteins c-pim-1 genetics
Sonstiges:	Nachgewiesen in: MEDLINE Sprachen: English Publication Type: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't Language: English [Nucleic Acids Res] 2020 Nov 04; Vol. 48 (19), pp. 11162-11171. MeSH Terms: G-Quadruplexes* ; DNA / chemistry ; Proto-Oncogene Proteins c-pim-1 / genetics ; Humans ; Transcription Initiation Site ; Triple Negative Breast Neoplasms / genetics References: Nucleic Acids Res. 2016 Jan 29;44(2):917-25. (PMID: 26656490) ; Nucleic Acids Res. 2017 Sep 29;45(17):10132-10142. (PMID: 28973461) ; Sci Rep. 2017 Sep 20;7(1):11969. (PMID: 28931822) ; Biochemistry. 2009 Jul 28;48(29):6794-804. (PMID: 19530739) ; Angew Chem Int Ed Engl. 2006 Feb 13;45(8):1227-31. (PMID: 16463312) ; Nat Prod Rep. 2001 Jun;18(3):291-309. (PMID: 11476483) ; Nucleic Acids Res. 2020 Sep 18;48(16):9336-9345. (PMID: 32432667) ; J Am Chem Soc. 2012 Feb 8;134(5):2723-31. (PMID: 22280460) ; Nat Commun. 2018 Aug 29;9(1):3496. (PMID: 30158518) ; Cell. 1984 May;37(1):141-50. 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Coexistence of two quadruplex-duplex hybrids in the PIM1 gene.