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Automatic curation of LTR retrotransposon libraries from plant genomes through machine learning.

Orozco-Arias, S ; Candamil-Cortes, MS ; et al.
In: Journal of integrative bioinformatics, Jg. 19 (2022-07-12), Heft 3
Online academicJournal

Titel:
Automatic curation of LTR retrotransposon libraries from plant genomes through machine learning.
Autor/in / Beteiligte Person: Orozco-Arias, S ; Candamil-Cortes, MS ; Jaimes, PA ; Valencia-Castrillon, E ; Tabares-Soto, R ; Isaza, G ; Guyot, R
Link:
Zeitschrift: Journal of integrative bioinformatics, Jg. 19 (2022-07-12), Heft 3
Veröffentlichung: Berlin : De Gruyter Open ; <i>Original Publication</i>: Bielefeld : IMBio e.V., 2022
Medientyp: academicJournal
ISSN: 1613-4516 (electronic)
DOI: 10.1515/jib-2021-0036
Schlagwort:
  • DNA Transposable Elements
  • Evolution, Molecular
  • Genome, Plant
  • Machine Learning
  • Plants genetics
  • Retroelements genetics
  • Terminal Repeat Sequences
Sonstiges:
  • Nachgewiesen in: MEDLINE
  • Sprachen: English
  • Publication Type: Journal Article
  • Language: English
  • [J Integr Bioinform] 2022 Jul 12; Vol. 19 (3). <i>Date of Electronic Publication: </i>2022 Jul 12 (<i>Print Publication: </i>2022).
  • MeSH Terms: Retroelements* / genetics ; Terminal Repeat Sequences* ; DNA Transposable Elements ; Evolution, Molecular ; Genome, Plant ; Machine Learning ; Plants / genetics
  • References: Bioinformatics. 2003 Feb 12;19(3):362-7. (PMID: 12584121) ; Mob DNA. 2015 Jun 02;6:11. (PMID: 26045719) ; BMC Genomics. 2021 Jan 06;22(1):19. (PMID: 33407114) ; Bioinformatics. 2020 Aug 1;36(15):4269-4275. (PMID: 32415954) ; PeerJ. 2021 May 19;9:e11456. (PMID: 34055489) ; Genomics. 2012 Oct;100(4):222-30. (PMID: 22800764) ; Nat Rev Genet. 2008 May;9(5):397-405. (PMID: 18368054) ; Methods Mol Biol. 2006;343:201-12. (PMID: 16988345) ; Nat Rev Genet. 2013 Jan;14(1):49-61. (PMID: 23247435) ; Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D1141-7. (PMID: 26527721) ; Brief Bioinform. 2021 May 20;22(3):. (PMID: 34020551) ; Genome Biol. 2018 Nov 19;19(1):199. (PMID: 30454069) ; Front Plant Sci. 2017 Apr 04;8:402. (PMID: 28421083) ; Genes (Basel). 2021 Jan 28;12(2):. (PMID: 33525408) ; Mol Ecol. 2019 Mar;28(6):1537-1549. (PMID: 30003608) ; Mob DNA. 2019 Jan 29;10:6. (PMID: 30719103) ; Int J Mol Sci. 2019 Aug 06;20(15):. (PMID: 31390781) ; Arch Dis Child Educ Pract Ed. 2013 Dec;98(6):236-8. (PMID: 23986538) ; PLoS Genet. 2009 Nov;5(11):e1000732. (PMID: 19936065) ; Curr Opin Plant Biol. 2014 Oct;21:83-88. (PMID: 25061895) ; Genome Res. 2004 May;14(5):860-9. (PMID: 15078861) ; Genetica. 2017 Oct;145(4-5):417-430. (PMID: 28776161) ; Sci Rep. 2021 Apr 14;11(1):8119. (PMID: 33854089) ; PeerJ. 2019 Dec 18;7:e8311. (PMID: 31976169) ; Bioinformatics. 2020 Dec 22;36(20):4991-4999. (PMID: 32663247) ; IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform. 2013 May-Jun;10(3):645-56. (PMID: 24091398) ; Planta. 2019 Nov;250(5):1781-1787. (PMID: 31562541) ; Sci Data. 2020 Apr 29;7(1):131. (PMID: 32350267) ; Genome Biol. 2019 Dec 16;20(1):275. (PMID: 31843001) ; Brief Bioinform. 2006 Mar;7(1):86-112. (PMID: 16761367) ; Nucleic Acids Res. 2007 Jul;35(Web Server issue):W265-8. (PMID: 17485477) ; Genome Res. 2002 Jul;12(7):1075-9. (PMID: 12097344) ; Annu Rev Genet. 1999;33:479-532. (PMID: 10690416) ; Nucleic Acids Res. 2004 Jul 1;32(Web Server issue):W20-5. (PMID: 15215342) ; Chromosome Res. 2008;16(1):203-15. (PMID: 18293113) ; Curr Opin Genet Dev. 2005 Dec;15(6):621-7. (PMID: 16219458) ; Plant Physiol. 2008 Jan;146(1):45-59. (PMID: 18032588) ; Biochim Biophys Acta. 2014 Oct;1842(10):1932-1941. (PMID: 24995601) ; Nat Rev Genet. 2007 Dec;8(12):973-82. (PMID: 17984973) ; PeerJ Comput Sci. 2020 Apr 13;6:e270. (PMID: 33816921) ; Mob DNA. 2019 Jan 03;10:1. (PMID: 30622655)
  • Contributed Indexing: Keywords: LTR retrotransposons; curation; deep neural networks; k-mer-based methods; machine learning; nesting insertions
  • Substance Nomenclature: 0 (DNA Transposable Elements) ; 0 (Retroelements)
  • Entry Date(s): Date Created: 20220713 Date Completed: 20221003 Latest Revision: 20221028
  • Update Code: 20240513
  • PubMed Central ID: PMC9521825

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