Einzeltreffer — DigiBib

Gene targeting in mouse ES cells replaces or modifies genes of interest; conditional alleles, reporter knock-ins, and amino acid changes are common examples of how gene targeting is used. To streamline and increase the efficiency in our ES cell pipeline and decrease the timeline for mouse models produced via ES cells, automation is introduced in the pipeline. Below, we describe a novel and effective approach utilizing ddPCR, dPCR, automated DNA purification, MultiMACS, and adenovirus recombinase combined screening workflow that reduces the time between therapeutic target identification and experimental validation.

Titel:	Advanced Technologies and Automation in mES Cell Workflow.
Autor/in / Beteiligte Person:	Pham, A ; Caothien, R ; Tam, L ; Diaz, D ; Jackson, M ; Nakao, B ; Yu, C ; Roose-Girma, M
Zeitschrift:	Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), Jg. 2631 (2023), S. 183-206
Veröffentlichung:	Totowa, NJ : Humana Press ; <i>Original Publication</i>: Clifton, N.J. : Humana Press,, 2023
Medientyp:	academicJournal
ISSN:	1940-6029 (electronic)
DOI:	10.1007/978-1-0716-2990-1_7
Schlagwort:	Mice Animals Workflow Polymerase Chain Reaction Automation Gene Targeting Embryonic Stem Cells metabolism
Sonstiges:	Nachgewiesen in: MEDLINE Sprachen: English Publication Type: Journal Article Language: English [Methods Mol Biol] 2023; Vol. 2631, pp. 183-206. MeSH Terms: Gene Targeting* ; Embryonic Stem Cells* / metabolism ; Mice ; Animals ; Workflow ; Polymerase Chain Reaction ; Automation Comments: Erratum in: Methods Mol Biol. 2023;2631:C1. (PMID: 37460768) References: Baskale D et al (2012) Use of magnetically enriched pluripotent stem cells increases chimerism rate after blastocyst injection and enables the use of inbred ES cell lines for tetraploid complementation. MACS&more 14(2):8–10. ; Pinheiro LB et al (2012) Evaluation of a droplet digital polymerase chain reaction format for DNA copy number quantification. Anal Chem 84:1003–1011. (PMID: 10.1021/ac202578x22122760) ; Zhong Q et al (2011) Multiplex digital PCR: breaking the one target per color barrier of quantitative PCR. Lab Chip 11:2167–2174. (PMID: 10.1039/c1lc20126c21584334) ; Karlen Y et al (2007) Statistical significance of quantitative PCR. BMC Bioinform 8:131. (PMID: 10.1186/1471-2105-8-131) ; Gaudernack G et al (1986) Isolation of pure functionally active CD8 + T cells. Positive selection with monoclonal antibodies directly conjugated to monosized magnetic microspheres. J Immunol Methods 90:179–187. (PMID: 10.1016/0022-1759(86)90074-83088118) ; Trickett A, Kwan YL (2003) T cell stimulation and expansion using anti-CD3/CD28 beads. J Immunol Methods 275:251–255. (PMID: 10.1016/S0022-1759(03)00010-312667688) ; Caothien R et al (2022) Accelerated embryonic stem cell screening with a highly efficient genotyping pipeline. Mol Biol Rep 49:3281–3288. (PMID: 10.1007/s11033-022-07165-y35107736) Contributed Indexing: Keywords: Biomek i5; Genotyping; Mouse embryonic stem cells (ESC); MultiMACS (magnetic-activated cell sorting); dPCR (digital PCR); ddPCR (droplet digital PCR) Entry Date(s): Date Created: 20230330 Date Completed: 20230403 Latest Revision: 20230717 Update Code: 20240513

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Advanced Technologies and Automation in mES Cell Workflow.