Procjena djelotvornosti klasične organske i nove komercijalne metode za izolaciju DNA iz uzoraka kosti primjenom Qubit fluorometra i qPCR uređaja

UVOD: DNA u kosti nalazimo unutar stanica osteoblasta, osteocita i osteoklasta. Tijekom resorpcije kosti i stanične apoptoze, DNA dospijeva u izvanstanični matriks i veže molekule kolagena i hidroksiapatita. Za uspješnu izolaciju DNA iz kosti potrebno je primijeniti metode i reagense koji će osigurati specifično izdvajanje malih količina DNA materijala iz smjese drugih bioloških molekula, ostataka soli i organskih otapala. U tu svrhu ispitivana je učinkovitost klasične organske metode te QIAamp DNA Blood Mini i PrepFiler BTA Forensic Extraction komercijalnih kompleta. CILJ: Odrediti djelotvornost ispitivanih metoda za izolaciju DNA iz koštanog praha mjerenjem količine i kvalitete DNA na Qubit fluorometru i qPCR uređaju. MATERIJAL I METODE: Za istraživanje su upotrijebljeni poolirani uzorci koštanog praha. Izolacija DNA provedena je primjenom klasične organske fenol/kloroform metode te QIAamp DNA Blood Mini i PrepFiler Forensic DNA Extraction komercijalnih kompleta. Koncentracija DNA izmjerena je na Qubit fluorometru i qPCR uređaju pomoću Qubit High Sensitivity DNA i QuantiFiler Human Quantification DNA setova. REZULTATI: Najveći prinos DNA primijećen je u uzorcima izoliranima PrepFiler BTA komercijalnim kompletom. Slijedi ga QIAamp DNA Blood Mini komplet s nešto manjim koncentracijama DNA, a najmanje koncentracije DNA dobivene su klasičnom organskom metodom. Graf Linova koeficijenta konkordancije pokazuje jako mali stupanj korelacije i podudarnosti između mjerenja na Qubit fluorometru i Quant Studio 5 qPCR uređaju. ZAKLJUČAK: U usporedbi s klasičnom organskom metodom, silika kolone i selektivne magnetske čestice osiguravaju veću količinu i kvalitetu DNA materijala iz uzoraka kosti.