FaST-LMM for Two-Way Epistasis Tests on High-Performance Clusters

Farré, Xavier ; Jordi Rambla De Argila ; et al.

In: Journal of Computational Biology, Jg. 25 (2018-08-01), S. 862-870

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[EN] We introduce a version of the epistasis test in FaST-LMM for clusters of multithreaded processors. This new software maintains the sensitivity of the original FaST-LMM while delivering acceleration that is close to linear on 12-16 nodes of two recent platforms, with respect to improved implementation of FaST-LMM presented in an earlier work. This efficiency is attained through several enhancements on the original single-node version of FaST-LMM, together with the development of a message passing interface (MPI)-based version that ensures a balanced distribution of the workload as well as a multigraphics processing unit (GPU) module that can exploit the presence of multiple GPUs per node.

The researchers from the Universitat Jaume I were supported by projects TIN2014-53495-R and TIN2017-82972-R of the MINECO and FEDER.

Titel:	FaST-LMM for Two-Way Epistasis Tests on High-Performance Clusters
Autor/in / Beteiligte Person:	Farré, Xavier ; Jordi Rambla De Argila ; Barrachina, Sergio ; Martínez, Héctor ; Quintana-Ortí, Enrique S. ; Navarro, Arcadi ; Castillo, Maribel
Link:	View record in OpenAIRE (Volltext) https://doi.org/10.1089/cmb.2018.0087
Zeitschrift:	Journal of Computational Biology, Jg. 25 (2018-08-01), S. 862-870
Veröffentlichung:	Mary Ann Liebert Inc, 2018
Medientyp:	unknown
ISSN:	1557-8666 (print) ; 2014-5349 (print)
DOI:	10.1089/cmb.2018.0087
Schlagwort:	epistasis 0301 basic medicine Bipolar Disorder GPUs Computer science Parallel computing 030105 genetics & heredity Polymorphism, Single Nucleotide 03 medical and health sciences Software Genetics Humans Computer Simulation Sensitivity (control systems) Genome-wide association studies (GWAS) multicore processors Molecular Biology Multi-core processor Models, Genetic business.industry Multicore processors Computational Biology Epistasis, Genetic ARQUITECTURA Y TECNOLOGIA DE COMPUTADORES Computational Mathematics 030104 developmental biology FaST-LMM Computational Theory and Mathematics Modeling and Simulation Epistasis Genome-Wide Association Studies (GWAS) clusters of computers business Algorithms Clusters of computers
Sonstiges:	Nachgewiesen in: OpenAIRE File Description: application/pdf Rights: OPEN

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