Genomic evidence for global ocean plankton biogeography shaped by large-scale current systems
In: eLife eLife, 2022, ⟨10.7554/eLife.78129⟩ eLife, 2022, 11, pp.e78129. ⟨10.7554/eLife.78129⟩ ELIFE Richter, D J, Watteaux, R, Vannier, T, Leconte, J, Frémont, P, Reygondeau, G, Maillet, N, Henry, N, Benoit, G, Da Silva, O, Delmont, T O, Fernàndez-Guerra, A, Suweis, S, Narci, R, Berney, C, Eveillard, D, Gavory, F, Guidi, L, Labadie, K, Mahieu, E, Poulain, J, Romac, S, Roux, S, Dimier, C, Kandels, S, Picheral, M, Searson, S, Pesant, S, Aury, J-M, Brum, J R, Lemaitre, C, Pelletier, E, Bork, P, Sunagawa, S, Lombard, F, Karp-Boss, L, Bowler, C, Sullivan, M B, Karsenti, E, Mariadassou, M, Probert, I, Peterlongo, P, Wincker, P, de Vargas, C, d'Alcalà, M R, Iudicone, D & Jaillon, O 2022, ' Genomic evidence for global ocean plankton biogeography shaped by large-scale current systems ', eLife, vol. 11, e78129 https://doi.org/10.7554/eLife.78129; (2022-08-03)
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unknown
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Biogeographical studies have traditionally focused on readily visible organisms, but recent technological advances are enabling analyses of the large-scale distribution of microscopic organisms, whose biogeographical patterns have long been debated. Here we assessed the global structure of plankton geography and its relation to the biological, chemical, and physical context of the ocean (the ‘seascape’) by analyzing metagenomes of plankton communities sampled across oceans during the Tara Oceans expedition, in light of environmental data and ocean current transport. Using a consistent approach across organismal sizes that provides unprecedented resolution to measure changes in genomic composition between communities, we report a pan-ocean, size-dependent plankton biogeography overlying regional heterogeneity. We found robust evidence for a basin-scale impact of transport by ocean currents on plankton biogeography, and on a characteristic timescale of community dynamics going beyond simple seasonality or life history transitions of plankton.
We thank the commitment of the following people and sponsors who made this expedition possible: CNRS (in particular Groupement de Recherche GDR3280), European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Genoscope/CEA, Fund for Scientific Research – Flanders, VIB, Stazione Zoologica Anton Dohrn, UNIMIB, Paris Sciences et Lettres (PSL) Research University (ANR-11-IDEX-0001–02), the French Government ANR (projects FRANCE GENOMIQUE/ANR-10-INBS-09, MEMO LIFE/ANR-10-LABX-54, POSEIDON/ANR-09-BLAN-0348, PROMETHEUS/ANR-09-PCS-GENM-217, MAPPI/ANR-2010-COSI-004, TARA-GIRUS/ANR-09-PCS-GENM-218), US NSF grant DEB-1031049, FWO, BIO5, Biosphere 2, Agnès b., the Veolia Environment Foundation, Région Bretagne, World Courier, Illumina, Cap L’Orient, the EDF Foundation EDF Diversiterre, FRB, the Prince Albert II de Monaco Foundation, Etienne Bourgois, the Tara schooner and its captain and crew. We thank MERCATOR-CORIOLIS and ACRI-ST for providing daily satellite data during the expedition. The bulk of genomic computations were performed using the Airain HPC machine provided through GENCI- [TGCC/CINES/IDRIS] (grants t2011076389, t2012076389, t2013036389, t2014036389, t2015036389 and t2016036389). We are also grateful to the French Ministry of Foreign Affairs for supporting the expedition and to the countries who granted us sampling permissions.
| Titel: |
Genomic evidence for global ocean plankton biogeography shaped by large-scale current systems
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| Autor/in / Beteiligte Person: | Richter, Daniel J. ; Watteaux, Romain ; Vannier, Thomas ; Leconte, Jade ; Frémont, Paul ; Reygondeau, Gabriel ; Maillet, Nicolas ; Henry, Nicolas ; Benoit, Gaëtan ; da Silva, Ophélie ; Delmont, Tom O. ; Fernández-Guerra, Antonio ; Suweis, Samir ; Narci, Romain ; Berney, Cedric ; Eveillard, Damien ; Gavory, Frederick ; Guidi, Lionel ; Labadie, Karine ; Mahieu, Eric ; Poulain, Julie ; Romac, Sarah ; Roux, Simon ; Dimier, Céline ; Kandels‐Lewis, Stefanie ; Picheral, Marc ; Searson, Sarah ; Oceans, Tara ; Pesant, Stéphane ; Aury, Jean-Marc ; Brum, Jennifer R. ; Lemaitre, Claire ; Pelletier, Eric ; Bork, Peer ; Sunagawa, Shinichi ; Lombard, Fabien ; Karp-Boss, Lee ; Bowler, Chris ; Sullivan, Matthew B. ; Karsenti, Eric ; Mariadassou, Mahendra ; Probert, Ian ; Peterlongo, Pierre ; Wincker, Patrick ; Vargas, Colomban de ; Ribera d’Alcalà, Maurizio ; Iudicone, Daniele ; Jaillon, Olivier ; Tara Oceans Coordinators ; Centre National de la Recherche Scientifique (France) ; European Molecular Biology Laboratory ; Centre National de Séquençage (France) ; National Fund for Scientific Research (Belgium) ; Stazione Zoologica Anton Dohrn ; Università degli Studi di Milano ; Université Paris Sciences & Lettres ; Agence Nationale de la Recherche (France) ; National Science Foundation (US) ; Foundation, Veolia ; Bretagne, Région ; Courier, World ; Illumina ; L’Orient, Cap ; Fondation, EDF ; Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité ; Fondation Prince Albert II de Monaco ; Ministère de l'Europe et des Affaires étrangères (France) ; Adaptation et diversité en milieu marin (ADMM) ; Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR) ; Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) ; Stazione Zoologica Anton Dohrn (SZN) ; Institut méditerranéen d'océanologie (MIO) ; Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) ; Institut de Génomique d'Evry (IG) ; Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB) ; Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) ; Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE) ; Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; University of British Columbia (UBC) ; Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics, HUB ; Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) ; Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA) ; Université de Rennes 1 (UR1) ; Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes) ; Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique) ; Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT) ; Max Planck Institute for Marine Microbiology ; Max-Planck-Gesellschaft ; Dipartimento di Fisica e Astronomia 'Galileo Galilei' ; Università degli Studi di Padova = University of Padua (Unipd) ; Consorzio Nazionale Interuniversitario per le Scienze FIsiche della Materia (CNISM) ; Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE) ; Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) ; Station biologique de Roscoff (SBR) ; Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) ; 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| Link: | |
| Quelle: | eLife eLife, 2022, ⟨10.7554/eLife.78129⟩ eLife, 2022, 11, pp.e78129. ⟨10.7554/eLife.78129⟩ ELIFE Richter, D J, Watteaux, R, Vannier, T, Leconte, J, Frémont, P, Reygondeau, G, Maillet, N, Henry, N, Benoit, G, Da Silva, O, Delmont, T O, Fernàndez-Guerra, A, Suweis, S, Narci, R, Berney, C, Eveillard, D, Gavory, F, Guidi, L, Labadie, K, Mahieu, E, Poulain, J, Romac, S, Roux, S, Dimier, C, Kandels, S, Picheral, M, Searson, S, Pesant, S, Aury, J-M, Brum, J R, Lemaitre, C, Pelletier, E, Bork, P, Sunagawa, S, Lombard, F, Karp-Boss, L, Bowler, C, Sullivan, M B, Karsenti, E, Mariadassou, M, Probert, I, Peterlongo, P, Wincker, P, de Vargas, C, d'Alcalà, M R, Iudicone, D & Jaillon, O 2022, ' Genomic evidence for global ocean plankton biogeography shaped by large-scale current systems ', eLife, vol. 11, e78129 https://doi.org/10.7554/eLife.78129; (2022-08-03) |
| Veröffentlichung: | eLife Sciences Publications, 2022 |
| Medientyp: | unknown |
| ISSN: | 2050-084X (print) |
| Schlagwort: |
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