Isolation and characterization of RNase LTR sequences of Ty1-copiaretrotransposons in common bean (Phaseolus vulgarisL.)
In: Genome, Jg. 47 (2004), S. 84-95
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Retroelements have proved useful for molecular marker studies and play an important role in genome evolu- tion. Ty1-copia retrotransposons are ubiquitous and heterogeneous in plant genomes, and although many elements have been isolated and characterized, almost no information about them is available in the literature for Phaseolus vulgaris L. We report here the isolation and characterization of new RNase long terminal repeat (LTR) sections of the Ty1-copia group for this crop plant. RNAse sections showed conserved amino acids with the downstream sections cor- responding to the polypurine-tract and 5' sections of 3' LTRs. The RNase sections were aligned using ClustalX to find potential relationships between sequences. A comparison with this analysis was made using the partition analysis of quasispecies package (PAQ), which is specific for quasispecies-like populations. The analysis revealed eight distinct groups. To uncover LTR variability and potential conserved promoter motifs, we also designed new primers from the presumed polypurine-tract regions. A similarity search found short stretches similar to upstream and downstream re- gions of some genes. Conserved motifs, corresponding to transcription factor binding sites, were discovered through MatInspector software and two sequences characterized. From a putative LTR fragment, we then designed a new primer, which, through sequence-specific amplification polymorphism (SSAP), showed numerous polymorphic bands between two distinct P. vulgaris accessions. Resume : Les retro-elements ont montre leur utilite pour les etudes par marqueurs moleculaires et jouent un role im- portant dans l'evolution des genomes. Les retro-transposons de type Ty1-copia sont ubiquistes et heterogenes dans les genomes vegetaux, et malgre le fait que de nombreux elements aient ete isoles et caracterises, pratiquement aucune in- formation les concernant n'etait disponible pour Phaseolus vulgaris L. Nous rapportons ici l'isolation et la caracterisa- tion de nouvelles des regions RNase-LTR (« long terminal repeat ») du groupe des Ty1-copia. Les regions RNAse ont montre des acides amines conserves avec les sequences en aval qui correspondent au site polypurine et aux extremites 5' des LTR 3'. Les regions RNAses ont ete alignees au moyen de ClustalX afin de rechercher des relations possibles entre les sequences. Cette analyse a ete comparee au moyen du progiciel PAQ (« partition analysis of quasi species »), specialise pour les populations du type quasi-especes. L'analyse a revele huit groupes distincts. Afin de rechercher la variabilite des LTR et des motifs de promoteurs potentiellement conserves, nous avons aussi designe de nouvelles amorces pour les sites polypurine presumes. Une recherche de similarite a permis de trouver de courtes sequences si- milaires aux regions amont et aval de certain genes. Des motifs conserves, correspondant a des sites d'attache de fac - teurs de transcription, ont ete decouverts en utilizant MatInspector, et deux sequences ont ete caracterisees. A partir d'un fragment LTR suppose, nous avons alors designe une nouvelle amorce, qui, par analyse SSAP (« sequence- specific amplification polymorphism »), a montre de nombreuses bandes polymorphes entre deux accessions de P. vul- garis. Mots cles : Phaseolus vulgaris, quasi-especes, retro-transposon, RNase-LTR, site d'attache de facteur de transcription.
Titel: |
Isolation and characterization of RNase LTR sequences of Ty1-copiaretrotransposons in common bean (Phaseolus vulgarisL.)
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Autor/in / Beteiligte Person: | Baccam, Prasith ; Tohme, Joe ; Leonardo Miguel Galindo ; Gaitán-Solís, Eliana |
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Zeitschrift: | Genome, Jg. 47 (2004), S. 84-95 |
Veröffentlichung: | Canadian Science Publishing, 2004 |
Medientyp: | unknown |
ISSN: | 1480-3321 (print) ; 0831-2796 (print) |
DOI: | 10.1139/g03-102 |
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