Common genetic variation in alcohol-related hepatocellular carcinoma: a case-control genome-wide association study
In: ISSN: 1470-2045, 2021
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International audience ; Background: Hepatocellular carcinoma is a frequent consequence of alcohol-related liver disease, with variable incidence among heavy drinkers. We did a genome-wide association study (GWAS) to identify common genetic variants for alcohol-related hepatocellular carcinoma.Methods: We conducted a two-stage case-control GWAS in a discovery cohort of 2107 unrelated European patients with alcohol-related liver disease aged 20–92 years recruited between Oct 22, 1993, and March 12, 2017. Cases were patients with alcohol-related hepatocellular carcinoma diagnosed by imaging or histology. Controls were patients with alcohol-related liver disease without hepatocellular carcinoma. We used an additive logistic regression model adjusted for the first ten principal components to assess genetic variants associated with alcohol-related hepatocellular carcinoma. We did another analysis with adjustment for age, sex, and liver fibrosis. New candidate associations (p<1 × 10−6) and variants previously associated with alcohol-related hepatocellular carcinoma were evaluated in a validation cohort of 1933 patients with alcohol-related liver disease aged 29–92 years recruited between July 21, 1995, and May 2, 2019. We did a meta-analysis of the two case–control cohorts.Findings: The discovery cohort included 775 cases and 1332 controls. Of 7 962 325 variants assessed, we identified WNT3A-WNT9A (rs708113; p=1·11 × 10−8) and found support for previously reported regions associated with alcohol-related hepatocellular carcinoma risk at TM6SF2 (rs58542926; p=6·02 × 10−10), PNPLA3 (rs738409; p=9·29 × 10−7), and HSD17B13 (rs72613567; p=2·49 × 10−4). The validation cohort included 874 cases and 1059 controls and three variants were replicated: WNT3A-WNT9A (rs708113; p=1·17 × 10−3), TM6SF2 (rs58542926; p=4·06 × 10−5), and PNPLA3 (rs738409; p=1·17 × 10−4). All three variants reached GWAS significance in the meta-analysis: WNT3A-WNT9A (odds ratio 0·73, 95% CI 0·66–0·81; p=3·93 × 10−10), TM6SF2 (1·77, 1·52–2·07; ...
| Titel: |
Common genetic variation in alcohol-related hepatocellular carcinoma: a case-control genome-wide association study
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| Autor/in / Beteiligte Person: | Trépo, Eric ; Caruso, Stefano ; Yang, Jie ; Imbeaud, Sandrine ; Couchy, Gabrielle ; Bayard, Quentin ; Letouzé, Eric ; Ganne-Carrié, Nathalie ; Moreno, Christophe ; Oussalah, Abderrahim ; Féray, Cyrille ; Blanc, Jean Frédéric ; Clément, Bruno ; Hillon, Patrick ; Boursier, Jérôme ; Paradis, Valérie ; Calderaro, Julien ; Gnemmi, Viviane ; Nault, Jean-Charles ; Guéant, Jean-Louis ; Devière, Jacques ; Archambeaud, Isabelle ; Vitellius, Carole ; Turlin, Bruno ; Bronowicki, Jean-Pierre ; Gustot, Thierry ; Sutton, Angela ; Ziol, Marianne ; Nahon, Pierre ; Zucman-Rossi, Jessica ; Meiller, Clément ; Cao, Qian ; Hirsch, Théo ; Rebouissou, Sandra ; Degré, Delphine ; Otero Sanchez, Lukas ; Rosewick, Nicolas ; Quertinmont, Eric ; Desille-Dugast, Mireille ; François-Vié, Muriel ; Moins, Cécile ; Leteurtre, Emmanuelle ; Lassailly, Guillaume ; Ningarhari, Massih ; Boleslawski, Emmanuel ; Cottet, Vanessa ; Faculté de Médecine Bruxelles (ULB) ; Université libre de Bruxelles (ULB) ; 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| Zeitschrift: | ISSN: 1470-2045, 2021 |
| Veröffentlichung: | HAL CCSD ; Elsevier, 2021 |
| Medientyp: | academicJournal |
| DOI: | 10.1016/S1470-2045(21)00603-3 |
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