Bacteroides fragilis: metoder for å skille mellom divisjon I (cfiA-negativ) og divisjon II (cfiA-positiv)
In: no.ntnu:inspera:146722497:148998063;; (2023)
Online
Hochschulschrift
Zugriff:
Bacteroides fragilis er en viktig del av normalfloraen i tarmen, men er også den vanligste isolerte anaerobe bakterien fra mono- og polymikrobielle infeksjoner av gastrointestinal opprinnelse. B. fragilis har evne til å utvikle resistens mot ulike antibiotika. B. fragilis er delt i to divisjoner, divisjon I (cfiA negativ) og divisjon II (cfiA-positiv). B. fragilis divisjon II har økt kapasitet til å oppnå karbapenemresistens gjennom aktivering av genet cfiA, som koder for metallobetalaktamase. Karbapenemresistens grunnet cfiA-gen er avhengig av insersjonssekvenser (IS-elementer) oppstrøms fra cfiA-genet. På grunn av den økende forekomsten av multiresistente B. fragilis er det viktig å finne en metode som kan identifisere B. fragilis med cfiA-genet, for å kunne følge med på spredning av resistente bakteriestammer og begrense spredningen av divisjon II. Målet med prosjektet er å skille divisjon I og divisjon II. For å gjøre dette sammenlignes to metoder for å finne ut hvilken metode som er best egnet, MALDI-TOF MS med subtypingsprogram eller realtime-PCR. Gjennom prosjektet er det optimalisert en real-time PCR for deteksjon av cfiA-genet til B. fragilis. Stammer av B. fragilis med divisjon I og divisjon II ble analysert med den optimaliserte PCR metoden og MALDI-TOF MS subtyping. Stammene ble resistenstestet med minimal inhibitory concentration (MIC) for å se hvilken meropenem MIC cfiA positive stammer hadde. I tillegg ble to av stammene identifisert som divisjon II sekvensert med Oxford nanopore sekvensering, for å teste om bakteriestammene hadde IS-elementer oppstrøms for cfiA-genet. Gjennom ulike forsøk og optimaliseringstrinn viser resultatene i prosjektet at begge metoder kan benyttes til differensiering av divisjonene. Gjennom resistenstesting ble det også vist at alle cfiA-positive B. fragilis stammer var resistente for meropenem og alle CfiA-negative stammer var sensitive for meropenem. Det ble konkludert at MALDI-TOF MS med subtyping program er den mest egnede metoden å benytte seg av for deteksjon av ...
Titel: |
Bacteroides fragilis: metoder for å skille mellom divisjon I (cfiA-negativ) og divisjon II (cfiA-positiv)
|
---|---|
Autor/in / Beteiligte Person: | Guttvik, Ingebjørg ; Lamøy, Ingvild ; Hustelig Kristiansen, Kine ; Snøsen, Hege ; Haugum, Kjersti ; Tungseth Bruun, Emilie ; Ayadi Nilsen, Emira ; Wik Larssen, Kjersti |
Link: | |
Quelle: | no.ntnu:inspera:146722497:148998063;; (2023) |
Veröffentlichung: | NTNU, 2023 |
Medientyp: | Hochschulschrift |
Sonstiges: |
|