Procjena djelotvornosti klasične organske i nove komercijalne metode za izolaciju DNA iz uzoraka kosti primjenom Qubit fluorometra i qPCR uređaja ; Efficiency evaluation of the classic organic and new commercial approach in DNA extraction from bone samples using Qubit fluorometer and qPCR

UVOD: DNA u kosti nalazimo unutar stanica osteoblasta, osteocita i osteoklasta. Tijekom resorpcije kosti i stanične apoptoze, DNA dospijeva u izvanstanični matriks i veže molekule kolagena i hidroksiapatita. Za uspješnu izolaciju DNA iz kosti potrebno je primijeniti metode i reagense koji će osigurati specifično izdvajanje malih količina DNA materijala iz smjese drugih bioloških molekula, ostataka soli i organskih otapala. U tu svrhu ispitivana je učinkovitost klasične organske metode te QIAamp DNA Blood Mini i PrepFiler BTA Forensic Extraction komercijalnih kompleta. CILJ: Odrediti djelotvornost ispitivanih metoda za izolaciju DNA iz koštanog praha mjerenjem količine i kvalitete DNA na Qubit fluorometru i qPCR uređaju. MATERIJAL I METODE: Za istraživanje su upotrijebljeni poolirani uzorci koštanog praha. Izolacija DNA provedena je primjenom klasične organske fenol/kloroform metode te QIAamp DNA Blood Mini i PrepFiler Forensic DNA Extraction komercijalnih kompleta. Koncentracija DNA izmjerena je na Qubit fluorometru i qPCR uređaju pomoću Qubit High Sensitivity DNA i QuantiFiler Human Quantification DNA setova. REZULTATI: Najveći prinos DNA primijećen je u uzorcima izoliranima PrepFiler BTA komercijalnim kompletom. Slijedi ga QIAamp DNA Blood Mini komplet s nešto manjim koncentracijama DNA, a najmanje koncentracije DNA dobivene su klasičnom organskom metodom. Graf Linova koeficijenta konkordancije pokazuje jako mali stupanj korelacije i podudarnosti između mjerenja na Qubit fluorometru i Quant Studio 5 qPCR uređaju. ZAKLJUČAK: U usporedbi s klasičnom organskom metodom, silika kolone i selektivne magnetske čestice osiguravaju veću količinu i kvalitetu DNA materijala iz uzoraka kosti. ; INTRODUCTION: DNA in the bone is found in osteoblasts, osteocytes and osteoclasts. During bone resorption and cell apoptosis, DNA ends up in the extracellular matrix and binds to the molecules of collagen and hidroxyapatite. For a successful isolation of DNA from the bones, highly efficient methods and reagents should be employed to ...