Novel Approach Identifies SNPs in SLC2A10 and KCNK9 with Evidence for Parent-of-Origin Effect on Body Mass Index
In: PLOS GENETICS, 2014, Heft 7, S. 1-12
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The phenotypic effect of some single nucleotide polymorphisms (SNPs) depends on their parental origin. We present a novel approach to detect parent-of-origin effects (POEs) in genome-wide genotype data of unrelated individuals. The method exploits increased phenotypic variance in the heterozygous genotype group relative to the homozygous groups. We applied the method to >56,000 unrelated individuals to search for POEs influencing body mass index (BMI). Six lead SNPs were carried forward for replication in five family-based studies (of ~4,000 trios). Two SNPs replicated: the paternal rs2471083-C allele (located near the imprinted KCNK9 gene) and the paternal rs3091869-T allele (located near the SLC2A10 gene) increased BMI equally (beta = 0.11 (SD), P<0.0027) compared to the respective maternal alleles. Real-time PCR experiments of lymphoblastoid cell lines from the CEPH families showed that expression of both genes was dependent on parental origin of the SNPs alleles (P<0.01). Our scheme opens new opportunities to exploit GWAS data of unrelated individuals to identify POEs and demonstrates that they play an important role in adult obesity. © 2014 Hoggart et al.
| Titel: |
Novel Approach Identifies SNPs in SLC2A10 and KCNK9 with Evidence for Parent-of-Origin Effect on Body Mass Index
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| Autor/in / Beteiligte Person: | Hoggart, C ; Venturini, G ; Mangino, M ; Gomez, F ; Ascari, G ; Zhao, J ; Teumer, A ; Winkler, T ; Tšernikova, N ; Luan, J ; Mihailov, E ; Ehret, G ; Zhang, W ; Lamparter, D ; Esko, T ; Macé, A ; Rüeger, S ; Bochud, P ; Barcella, M ; Dauvilliers, Y ; Benyamin, B ; Evans, D ; Hayward, C ; Lopez, M ; Franke, L ; Russo, A ; Heid, I ; Salvi, E ; Vendantam, S ; Arking, D ; Boerwinkle, E ; Chambers, J ; Fiorito, G ; Grallert, H ; Guarrera, S ; Homuth, G ; Huffman, J ; Porteous, D ; Berg, J ; Blackwood, D ; Campbell, H ; Cavanagh, J ; Connell, J ; Connor, M ; Cunningham Burley, S ; Deary, I ; Dominiczak, A ; Ellis, P ; Fitzpatrick, B ; Ford, I ; Gertz, R ; Grau, A ; Haddow, G ; Jackson, C ; Kerr, S ; Lindsay, R ; Mcgilchrist, M ; Mcintyre, D ; Morris, A ; Morton, R ; Muir, W ; Murray, G ; Palmer, C ; Pell, J ; Philp, A ; Porteous, M ; Procter, R ; Ralston, S ; Reid, D ; Sinnott, R ; Smith, B ; St Clair, D ; Sullivan, F ; Sweetland, M ; Ure, J ; Watt, G ; Wolf, R ; 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| Zeitschrift: | PLOS GENETICS, 2014, Heft 7, S. 1-12 |
| Veröffentlichung: | Public Library of Science ; US, 2014 |
| Medientyp: | academicJournal |
| DOI: | 10.1371/journal.pgen.1004508 |
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