Genetic and Functional Characterization of the LTR of HIV-1 Subtypes A and C Circulating in India

RODRIGUEZ, Milka A ; SHEN, Chengli ; et al.

In: AIDS research and human retroviruses, Jg. 23 (2007), Heft 11, S. 1428-1433

academicJournal - print, 19 ref

Genetic analysis of HIV-1 sequences circulating in different parts of India have shown that the predominant proportion of HIV-1 subtypes circulating in India is type C and a small fraction are subtypes A, B, E, and CRFs. We sequenced the HIV-1 LTR promoter region of seven subtype C and five subtype A isolates obtained from two major cities in India. Sequence analysis of the complete promoter and TAR regions revealed conserved subtype-specific variability in several major binding sites. Three NF-κB sites were present in all subtype C isolates and two isolates contained an insertion in the MFNLP. The transcriptional activity of one of these isolates may have been hindered due to this insertion. Despite the apparent variability between the LTRs we did not observe any significant difference in the transcriptional activity between subtype C and subtype A. To our knowledge, this is the first study characterizing the genetic structure and functional attributes of subtype A LTRs from India.

Titel:	Genetic and Functional Characterization of the LTR of HIV-1 Subtypes A and C Circulating in India
Autor/in / Beteiligte Person:	RODRIGUEZ, Milka A ; SHEN, Chengli ; RATNER, Deena ; PARANJAPE, Ramesh S ; KULKARNI, Smita S ; CHATTERJEE, Ramdas ; GUPTA, Phalguni
Link:	View record from PASCAL Archive
Zeitschrift:	AIDS research and human retroviruses, Jg. 23 (2007), Heft 11, S. 1428-1433
Veröffentlichung:	Larchmont, NY: Liebert, 2007
Medientyp:	academicJournal
Umfang:	print, 19 ref
ISSN:	0889-2229 (print)
Schlagwort:	Asie Asia Inde India Immunology, immunopathology, allergology Immunologie, immunopathologie, allergologie Microbiology, infectious diseases Microbiologie, maladies infectieuses Virology Virologie Sciences biologiques et medicales Biological and medical sciences Sciences biologiques fondamentales et appliquees. Psychologie Fundamental and applied biological sciences. Psychology Microbiologie Microbiology Génétique Genetics Divers Miscellaneous Sciences medicales Medical sciences Pathologie infectieuse Infectious diseases Viroses Viral diseases Viroses humaines Human viral diseases Lentivirus Retroviridae Virus immunodéficience humaine Human immunodeficiency virus Virus Genética Microbiología Soustype Subtype Subtipo Séquence LTR LTR sequence Secuencia LTR Virología Virus HIV1 HIV-1 virus Subject Geographic: Asie Asia Inde India
Sonstiges:	Nachgewiesen in: PASCAL Archive Sprachen: English Original Material: INIST-CNRS Document Type: Article File Description: text Language: English Author Affiliations: Department of Infectious Diseases and Microbiology, Graduate School of Public Health, University of Pittsburgh, Pittsburgh, Pennsylvania 15261, United States ; National AIDS Research Institute, Pune, India ; Department of Virology, Chittaranjan Cancer Research Institute, Calcutta, India Rights: Copyright 2008 INIST-CNRS ; CC BY 4.0 ; Sauf mention contraire ci-dessus, le contenu de cette notice bibliographique peut être utilisé dans le cadre d’une licence CC BY 4.0 Inist-CNRS / Unless otherwise stated above, the content of this bibliographic record may be used under a CC BY 4.0 licence by Inist-CNRS / A menos que se haya señalado antes, el contenido de este registro bibliográfico puede ser utilizado al amparo de una licencia CC BY 4.0 Inist-CNRS Notes: Infectious pathology ; Microbiology

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