De Novo Correction of Mass Measurement Error in Low Resolution Tandem MS Spectra for Shotgun Proteomics

EGERTSON, Jarrett D ; ENG, Jimmy K ; et al.

In: Journal of the American Society for Mass Spectrometry, Jg. 23 (2012), Heft 12, S. 2075-2082

academicJournal - print, 35 ref

We report an algorithm designed for the calibration of low resolution peptide mass spectra. Our algorithm is implemented in a program called FineTune, which corrects systematic mass measurement error in 1 min, with no input required besides the mass spectra themselves. The mass measurement accuracy for a set of spectra collected on an LTQ-Velos improved 20-fold from ―0.1776±0.0010m/z to 0.0078±0.0006m/z after calibration (avg±95 % confidence interval). The precision in mass measurement was improved due to the correction of non-linear variation in mass measurement accuracy across the m/z range.

Titel:	De Novo Correction of Mass Measurement Error in Low Resolution Tandem MS Spectra for Shotgun Proteomics
Autor/in / Beteiligte Person:	EGERTSON, Jarrett D ; ENG, Jimmy K ; BEREMAN, Michael S ; HSIEH, Edward J ; MERRIHEW, Gennifer E ; MACCOSS, Michael J
Link:	E-Journal im Bestand der UB Hagen? View record from PASCAL Archive
Zeitschrift:	Journal of the American Society for Mass Spectrometry, Jg. 23 (2012), Heft 12, S. 2075-2082
Veröffentlichung:	Amsterdam: Elsevier, 2012
Medientyp:	academicJournal
Umfang:	print, 35 ref
ISSN:	1044-0305 (print)
Schlagwort:	Biochemistry, molecular biology, biophysics Biochimie, biologie moléculaire, biophysique Analytical chemistry Chimie analytique Organic chemistry Chimie organique Sciences biologiques et medicales Biological and medical sciences Sciences biologiques fondamentales et appliquees. Psychologie Fundamental and applied biological sciences. Psychology Biochimie analytique, structurale et metabolique Analytical, structural and metabolic biochemistry Protéines Proteins Généralités, méthodes d'étude General aspects, investigation methods Chromatographie HPLC HPLC chromatography Cromatografía HPLC De novo Erreur mesure Measurement error Error medida Etalonnage Calibration Contraste Fragment peptidique Peptide fragment Fragmento peptídico Mesure masse Mass measurement Méthode couplée Coupled method Método acoplado Peptide Peptides Péptido Protéine Protein Proteína Protéomique Proteomics Proteómica Précision mesure Measurement accuracy Precisión medida Schéma fragmentation Fragmentation pattern Esquema fragmentación Spectrométrie masse Mass spectrometry Espectrometría masa LC MS MS Spectrométrie masse tandem Tandem mass spectrometry Espectrometría masa en tándem Mass measurement accuracy Resolution Shotgun proteomics
Sonstiges:	Nachgewiesen in: PASCAL Archive Sprachen: English Original Material: INIST-CNRS Document Type: Article File Description: text Language: English Author Affiliations: Department of Genome Sciences, University of Washington, Seattle, WA, 98195, United States Rights: Copyright 2014 INIST-CNRS ; CC BY 4.0 ; Sauf mention contraire ci-dessus, le contenu de cette notice bibliographique peut être utilisé dans le cadre d’une licence CC BY 4.0 Inist-CNRS / Unless otherwise stated above, the content of this bibliographic record may be used under a CC BY 4.0 licence by Inist-CNRS / A menos que se haya señalado antes, el contenido de este registro bibliográfico puede ser utilizado al amparo de una licencia CC BY 4.0 Inist-CNRS Notes: Analytical, structural and metabolic biochemistry

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